VirtualBoxを用いたWindows(Mac)のコンピュータでの解析(設定法)

• 図をクリックすると拡大されます。
  
• Windowsあるいはマッキントッシュ(OS X)の中に仮想のLinuxのデスクトップができます。
• Windowsが走りながら、その中にゲストOSのアプリケーションとして動くので、動作は遅いです。
• Linuxの専用マシンを準備する前にPEDの動作の確認がしたい場合、
  専用マシンを準備するほどの配列データはない場合など、時々使うような場合には便利です。

インストール

• VirtualBoxのダウンロードサイトよりWindowsあるいはOS Xホスト用のファイルをダウンロードします。
• Ubuntu Desktop 日本語 Remixより日本語版のISOイメージのファイルをダウンロードします。
• BIOSのVirtualization TechnologyがEnabeledになっている必要があります。
  パソコンをF2やF10(機種によって違います)キーを押しながら再起動して、BIOS画面を表示させて、
  CPUのオプションからVirtualization Technologyを探して、有効(Enabeled)にしてから設定をセーブして、OSを起動します。
  画面はHPのノートブックの例です。
  
• インストールしたOracle VM virtualBoxマネージャーを起動して、新規をクリックします。
  
  名前にUbuntuと入れると、タイプ: Linux、バージョン: Ubuntu(64-bit)が自動的に選択されるようです。違っている場合は、図のように選択してください。
• メモリサイズは4Gバイトにします。
  
  
• 「仮想ハードディスクを作成する」を選んで作成をクリックします。
  
  
• 仮想ハードディスクのファイルのタイプはVDIを選びます。
  
  
• 仮想ハードディスクのファイルは可変サイズを選びます。
  
  
• サイズはウイルスやバクテリアの解析なら50Gバイトあれば充分です。ヒトなどの大きなゲノムサイズでは数100GBは必要です。
  
  
• 光学ドライブのリンクをクリックして、事前にダウンロードしておいたubuntu-ja-20.04-desktop-amd64.isoを指定します。
  
  
• 起動をクリックすると、isoファイルが読み込まれてインストール画面が表示されます。
  Ubuntuをインストールをクリックして、指示に従い、すべてデフォルトでインストールします。
  
  
• インストールが完了したら、設定したパスワードでログインします。
  左下のアプリケーションを起動するのボタンをクリックして、アプリをすべて表示にして、ページを繰って「端末」をクリックして起動します。
  
  
• 開いた端末で、必要なソフトをダウンロードとインストールを行います。

  $ sudo apt update
  $ sudo apt upgrade
  $ sudo apt install curl
  $ sudo apt install git
  $ git clone https://github.com/akiomiyao/ped.git

• ここをクリックしてsra-toolkitをインストールと設定を行います。
  
• PEDでの解析は、解析例を参照してください。

PEDに関する資料

• スクリプト: https://github.com/akiomiyao/ped/
• 論文: Polymorphic edge detection (PED): two efficient methods of polymorphism detection from next-generation sequencing data (2019) BMC Bioinformatics 20(1):362

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